As Guerras Clônicas estão em pleno andamento e Anakin Skywalker mantém um elo de lealdade com Palpatine, ao mesmo tempo em que luta para que seu casamento com Padmé Amidala não seja afetado por esta situação. Seduzido por promessas de poder, Anakin se aproxima cada vez mais de Darth Sidious até se tornar o temível Darth Vader. Juntos eles tramam um plano para aniquilar de uma vez por todas com os cavaleiros jedi.

Com a missão de proteger a Senadora Amidala, Anakin Skywalker descobre o seu amor por ela, do mesmo modo que vai conhecendo seu lado sombrio. Obi-Wan Kenobi descobre um exército de clones à medida que a Galáxia caminha para uma grande guerra.

Enquanto resgatam a Rainha Amidala, governante de um planeta pacífico invadido por forças ameaçadoras, os Cavaleiros Jedi Obi-Wan Kenobi e Qui-Gon Jinn descobrem Anakin Skywalker, uma criança prodígio de 9 anos excepcionalmente poderosa na Força.